Il regolamento (CEE) n. 571/88 del Consiglio del 29 febbraio 1988 relativo all'organizzazione di indagini comunitarie sulla struttura delle aziende agricole prevede, all'articolo 2, che gli Stati membri effettuino un'indagine di base sulla struttura delle aziende agricole sotto forma di censimento generale nel periodo compreso fra il 1° dicembre 1998 e il 1° marzo 2001 e indagini intermedie a cadenza biennale fra il 1° dicembre 1992 e il 1° marzo 2008.
L'articolo 37 della legge 17 maggio 1999, n. 144 ha affidato all'Istituto nazionale di statistica (Istat) il compito di provvedere all'esecuzione del quinto censimento generale dell'agricoltura nel corso dell'anno 2000.
Il censimento dell'agricoltura tiene conto, per quanto possibile, delle raccomandazioni dell'Organizzazione delle Nazioni Unite per l'alimentazione e l'agricoltura (FAO) riguardanti i censimenti mondiali dell'agricoltura e viene svolto al fine di:
In Italia, il primo censimento generale dell'agricoltura dell'età contemporanea fu condotto nel 1961; ad esso seguirono i censimenti del 1970, del 1982 e del 1990.
Gli aspetti tecnici ed organizzativi del censimento vengono stabiliti nel regolamento di esecuzione. Quello relativo al quinto censimento è stato approvato con decreto del Presidente della Repubblica 6 giugno 2000, n. 197.
Nel proprio sito web l'Istat ha attivato pagine specifiche dedicate al censimento dell'agricoltura.