Il Settore, struttura inserita nella Direzione Agricoltura, si occupa, in conformità con le vigenti normative comunitarie, nazionali e regionali, e con la collaborazione delle Province, delle attività inerenti alla tutela della fauna selvatica omeoterma, alla regolamentazione dell'attività venatoria (Ufficio Caccia), alla tutela della fauna ittica, alla regolamentazione della pesca e allo sviluppo e promozione dell'acquacoltura (Ufficio Pesca ed Acquacoltura).