I sintomi della flavescenza dorata si evidenziano su foglie, germogli, tralci e grappoli; alcuni sono riconoscibili già a partire da metà maggio (germogliamento irregolare) altri, come la colorazione settoriale delle foglie e la mancata lignificazione dei tralci, sono più tardivi e maggiormente visibili da metà agosto a fine settembre.
In primavera, per avere un'indicazione affidabile della presenza del fitoplasma associato a flavescenza dorata, si devono rintracciare contemporaneamente sulla stessa pianta almeno tre dei nove sintomi chiave primaverili, avendo sempre cura di confrontare le parti di pianta sospetta con quelle corrispondenti, e coetanee, di una pianta sana. In estate invece si devono rintracciare contemporaneamente almeno tre dei dieci sintomi chiave estivi.
Nelle zone prima considerate indenni la conferma della diagnosi sintomatologica si ottiene unicamente mediante analisi molecolare svolta su incarico dalla Regione Piemonte, dall'Istituto di virologia vegetale del CNR di Torino.